Multigene Assay do przewidywania nawrotu leczonego tamoksyfenem raka węgorza ad

Najpierw opracowano metodę wysokowydajnej reakcji łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkryptazą (RT-PCR) w celu ilościowej oceny ekspresji genów za pomocą fragmentów utrwalonej, zatopionej w parafinie tkanki nowotworowej.22 Po drugie, wyselekcjonowało 250 kandydujących genów z opublikowanej literatury, genomowe bazy danych i eksperymenty oparte na macierzach DNA wykonanych na świeżo zamrożonych tkankach 17-19,23 Po trzecie, przeanalizowaliśmy dane z trzech niezależnych badań klinicznych nad rakiem piersi obejmujących łącznie 447 pacjentów, w tym grupa testowa NSABP B-20 tylko tamoksyfenem, aby przetestować związek między ekspresją 250 kandydujących genów a nawrotem raka piersi.24-26 Po czwarte, wykorzystaliśmy wyniki trzech badań do wyboru panelu 16 geny związane z nowotworami i 5 genów referencyjnych i zaprojektował algorytm, oparty na poziomach ekspresji tych genów, w celu obliczenia wyniku nawrotu dla każdej próbki guza. Przedstawione tutaj badanie zostało przeprowadzone w celu potwierdzenia zdolności do prospektywnego zdefiniowania testu 21-genu RT-PCR i algorytmu oceny częstości nawrotu w celu ilościowego określenia prawdopodobieństwa odległej nawrotu u pacjentów z ujemnym węzłem chłonnym dodatnim dla receptora estrogenu leczono tamoksyfenem w dużym, wieloośrodkowym badaniu metodą NSABP B-14. Metody
Pacjenci
Test NSABP B-14 (zatytułowany Badanie kliniczne oceniające tamoksyfen u pacjentów z pierwotnym rakiem piersi i ujemnymi węzłami pachowymi, w których guzy są pozytywne dla receptorów estrogenu ) zakwalifikowało 2892 pacjentów, którzy zostali losowo przydzieleni do grupy otrzymującej placebo lub tamoksyfen między 4 stycznia 1982 r. oraz 25 stycznia 1988 r. i zarejestrowano 1235 dodatkowych pacjentów, wszystkich leczonych tamoksyfenem, w okresie od 26 stycznia 1988 r. do 17 października 1988 r. Obecne badanie wyników leczenia wznowy zostało zatwierdzone przez Komisję Kontroli Instytucjonalnej Essex (Lebanon, NJ) oraz przez komisje przeglądowe w Allegheny General Hospital i University of Pittsburgh (oba w Pittsburghu). Rada ds. Weryfikacji instytucjonalnej zniosła potrzebę dodatkowej świadomej zgody.
Przygotowanie próbki
Bloki parafinowe z komórkami rakowymi zajmującymi mniej niż 5 procent obszaru przekroju zostały wyłączone z badania. Macrodsekcja była wykonywana za pomocą bezpiecznej łopatki do przypadków z elementami nieoczętowymi, które były podatne na makrodysekundę i które stanowiły ponad 50 procent całkowitego obszaru tkanki. RNA ekstrahowano z trzech sekcji 10-.m, gdy nie wykonano makrodysekcji lub z sześciu sekcji 10-.m, gdy wykonano makrodseparowanie.
Metody testowe, wybór genu i algorytm oceny wyników
Ekspresję genu w utrwalonej, zatopionej w parafinie tkance nowotworu zmierzono w sposób opisany przez Cronina i wsp. 22. Zastosowano test Oncotype DX (Genomic Health). W skrócie, po ekstrakcji RNA i traktowaniu DNase I, zmierzono całkowitą zawartość RNA i zweryfikowano brak zanieczyszczenia DNA (jak opisano w dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org). Przeprowadzono odwrotną transkrypcję, a następnie ilościowe reakcje TaąMan RT-PCR na 384-studzienkowych płytkach, przeprowadzonych z użyciem instrumentów Prism 7900HT (Applied Biosystems)
[hasła pokrewne: potworniak jajnika, zespół kociego krzyku, oponiak mózgu ]
[patrz też: przychodnia julian piekary śląskie, zdz radzymin, wena gorlice ]