DNA kałowy w porównaniu z kałem w celu wykrycia raka okrężnicy i odbytnicy u osób ze średnim ryzykiem czesc 4

Analizę DNA przeprowadzono na próbkach kału od wszystkich osobników z inwazyjnym rakiem lub gruczolakiem zaawansowanym, którzy mogli być poddani ocenie i na losowo wybranych podgrupach 600 osobników z małymi polipami i 1400 osobników bez polipów; grupy te obejmowały analizowaną podgrupę. Analiza DNA w kale
Rysunek 1. Rysunek 1. Podejście do ekstrakcji i analizy DNA kału. Próbki kału rozmrożono w temperaturze pokojowej i homogenizowano. Podwielokrotności (każda równoważna 4 g stolca) odwirowano w celu usunięcia cząstek stałych. Surowy DNA wytrącono i ponownie zawieszono. Sekwencyjne fragmenty DNA następnie oczyszczono z całości preparatów kwasu nukleinowego, wykonując hybrydy oparte na oligonukleotydach . W celu bezpośredniej analizy próbek pod kątem obecności długiego DNA, oczyszczony DNA amplifikowano w reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym (PCR ), celując w fragmenty o wielkości około 1,3, 1,8 i 2,4 kb z miejsca przechwytywania. Równolegle, dla fragmentów mutacji testu, przeprowadzono reakcje amplifikacji PCR z użyciem biotynylowanych starterów dla specyficznych celów genowych. Każdy z produktów PCR był następnie związany z nośnikami z kulkami magnetycznymi, a do identyfikacji mutacji punktowych wykorzystano specyficzny dla mutacji protokół minisekcji sekwencjonowania w fazie stałej. Usunięto delecje BAT-26 (o wielkości od 4 do 15 pz) w zależności od wielkości produktów reakcji. Wszystkie minizakwencyjne produkty reakcji analizowano za pomocą elektroforezy kapilarnej z detekcją fluorescencji indukowanej laserem. Każdy marker oceniano niezależnie; dodatni wynik dla dowolnego elementu panelu stanowi pozytywny test DNA w kale.17
Wszystkie próbki analizowane na obecność DNA kałowego były przetwarzane w jednym laboratorium. Kałowy panel DNA składał się z 21 mutacji: 3 w genie K-ras, 10 w genie APC i 8 w genie p53; marker niestabilności mikrosatelitarnej BAT-26; a marker długiego DNA uważał, że odzwierciedla on zaburzoną apoptozę komórek nowotworowych, które przenika do światła okrężnicy.13,14,16 Plan analiz DNA został opisany wcześniej13,16 i jest pokazany na rysunku 1. Laboratoryjne postępowanie ze wszystkimi próbkami było w pełni zautomatyzowana i ilościowa analiza obszaru pod krzywą, miary natężenia sygnału wyznakowanych nukleotydów, została porównana z kontrolą dla fragmentów DNA kontrolnych o znanej mutacji. Każdy marker oceniano niezależnie; dodatni wynik dla dowolnego składnika panelu stanowi pozytywny test DNA kału. Technicy laboratoryjni nie byli świadomi zarówno danych klinicznych związanych z każdą próbką, jak i protokołu pobierania próbek.
Analiza statystyczna
Wielkość próbki ustalono z góry na podstawie założenia, że panel DNA kałowego i Hemoccult II mają czułość wykrywania raka okrężnicy i odbytnicy (tj. Przerzuty do węzłów nowotworowych [TNM] od I do IV stopnia) co najmniej 65 procent i nie więcej niż 25 procent, odpowiednio. Biorąc pod uwagę to założenie, zapisanie 32 pacjentów z rakiem jelita grubego zapewniłoby badanie z 90-procentową mocą statystyczną, pozwalającą wykryć istotną różnicę przy dwustronnym poziomie alfa równym 0,05 przy użyciu testu McNemara. 21 Test post hoc McNemara wykonano w celu porównania zdolności panelu DNA kałowego i Hemoccult II do identyfikacji osobników z całkowicie wyszczególnioną zaawansowaną neoplazją (zaawansowany gruczolak lub rak)
[patrz też: kość łódeczkowata, hipogonadyzm, oponiak mózgu ]
[przypisy: medisquad, tanmuz, ararat biłgoraj ]